Program ruhiyah adalah program khusus yang berfokus pada bidang keagamaan, terkait dengan salah satu misi sekolah, yaitu membentuk generasi yang religius. Dalam hal ini, program ruhiyah difokuskan pada pembentukan dan pengembangan karakteristik siswa mengingat keragaman karakteristik siswa yang dilatarbelakangi perbedaan kepribadian dasar, pola asuh, kultur, dan lingkungan. Program terdiri atas program harian, pekanan, bulanan, semester, hingga tahunan. Sebagai bukti sinergi sekolah dan orang tua sekolah bekerja sama untuk melakukan monitoring ibadah harian (dibuktikan dengan buku khusus ruhiyah) mencakup fiqih salat, tilawah, tahfiz juz 30 dan 29, agenda kegiatan harian, serta community service